Yo, kolege znanstvene entuzijasti! Upućen sam u razgovor s vama o optimizaciji DNA polimeraze za sekvenciranje visokog propusnosti. Kao dobavljač DNA polimeraze, iz prve sam ruke vidio koliko je ključno imati gornju - notch polimerazu za ovu tehnologiju rezanja.
Sekvenciranje DNK visoke propusnosti revolucioniralo je genomiku. Omogućuje nam da u kratkom vremenu slijedimo velike količine DNK, što je super važno za stvari poput personalizirane medicine, razumijevanja genetskih bolesti, pa čak i evolucijskih studija. Ali da bi ovo stvarno dobro funkcioniralo, potrebna nam je optimizirana DNA polimeraza.
Započnimo s onim što DNK polimeraza zapravo radi. To je enzim koji sintetizira nove DNK niti dodavanjem nukleotida u rastući lanac. U sekvenciranju visokog propusnosti, želimo da brzo radi, bude točan i obrađuje različite vrste DNK predložaka.
Brzina je bitna
Jedan od ključnih čimbenika u sekvenciranju visoke propusnosti je brzina. Što brže DNA polimeraza može dodati nukleotide, što brže možemo obaviti sekvenciranje. Da bismo optimizirali brzinu, možemo pogledati katalitičku brzinu enzima. Neke mutacije mogu povećati ovu stopu. Na primjer, modificiranje aktivnog mjesta polimeraze može se učinkovitije vezati za nukleotide i brže ih dodati rastućem nizu DNA.
Također smo otkrili da podešavanje reakcijskih uvjeta može povećati brzinu. Korištenje pravog međuspremnika s optimalnim koncentracijama pH i iona može donijeti veliku razliku. Na primjer, magnezijev ioni su bitni faktori za aktivnost DNA polimeraze. Finom - podešavanjem koncentracije magnezija možemo poboljšati brzinu enzima.
Točnost je ključna
Točnost je jednako važna kao i brzina. U sekvenciranju, jedna pogreška može dovesti do pogrešnog tumačenja genetskih podataka. DNA polimeraze imaju aktivnost korekcije, što pomaže ispraviti pogreške tijekom sinteze DNA. Da bismo optimizirali za točnost, možemo poboljšati ovu funkciju lektorata. Neke od naših polimeraza, poputM - MLV H - 2.0, izraženi su tako da su poboljšane mogućnosti lektorije. To znači manje pogrešaka i pouzdanije rezultate sekvenciranja.
Drugi način poboljšanja točnosti je smanjenje ne -specifičnog vezanja. Ponekad se polimeraza može vezati na pogrešan predložak ili dodati nukleotide na pogrešnom mjestu. Izmjenom strukture polimeraze kako bi je učinila specifičnijom za ispravni DNK predložak, možemo umanjiti ove pogreške.
Rukovanje različitim predlošcima
DNK dolazi u svim oblicima i veličinama, a sekvenciranje visokog propusnosti često se bavi raznim predlošcima. Neke predloške mogu biti teško slijediti, poput onih s visokim GC sadržajem ili sekundarnim strukturama. Da bismo optimizirali DNA polimerazu za ove izazovne predloške, možemo dodati dodatne proteine. Na primjer,SC RECA 2.0mogu pomoći u opuštanju sekundarnih struktura DNK, olakšavajući polimerazu pristup predlošku i sintetiziranje nove DNK.
Također možemo modificirati sama polimeraza da bude tolerantnija prema različitim predlošcima. Neke mutacije mogu poboljšati enzim u suočavanju s visokim sadržajem GC -a ili drugim teškim regijama - do - sekvence.
Stabilnost i dugovječnost
U sekvenciranju visokog propusnosti polimeraza mora dugo raditi bez gubitka aktivnosti. Možemo optimizirati za stabilnost modificiranjem strukture enzima kako bi bila otpornija na denaturaciju. Na primjer, dodavanje disulfidnih veza može povećati stabilnost proteina.
Drugi aspekt je polica enzima - život. Želimo da naše polimeraze dugo ostanu aktivne tijekom skladištenja. Formuliranjem pravog međuspremnika i uvjeta skladištenja možemo osigurati da polimeraza ostane stabilna i spremna za upotrebu kada je to potrebno.
Kompatibilnost s platformama za sekvenciranje
Različite platforme za sekvenciranje visokog propusnosti imaju vlastite zahtjeve. Na primjer, neke platforme koriste detekciju temeljeno na fluorescenciji, dok druge koriste nanopore tehnologiju. Moramo optimizirati DNA polimerazu da bismo bili kompatibilna s tim različitim platformama.
Za platforme na bazi fluorescencije, polimeraza ne bi trebala ometati fluorescentne signale. Možemo inženjerirati polimerazu da ima nisku pozadinu fluorescencije i dobro surađuju s bojama koje se koriste u reakciji sekvenciranja.
U sekvenciranju nanopora, polimeraza mora biti u mogućnosti raditi u specifičnim električnim i kemijskim uvjetima nanopora. Razumijevanjem ovih zahtjeva, možemo izmijeniti polimerazu kako bi bila prikladnija za ovu vrstu sekvenciranja.
Naš portfelj proizvoda
Kao dobavljač DNA polimeraze, nudimo niz proizvoda dizajniranih tako da zadovoljavaju potrebe sekvenciranja visokog propusnosti. NašeM - MLV H - 2.0Izvrsno je za obrnutu transkripciju i ima izvrsnu točnost. ASC RECA 2.0Može se koristiti kao dodatni protein za poboljšanje rukovanja predloškama. I našExonuclease III 2.0Može se koristiti za različite korake obrade DNK u sekvenciranju tijekova rada.
Ako ste na tržištu za visokokvalitetne DNK polimeraze za vaše projekti visokog propusnosti, voljeli bismo razgovarati s vama. Bez obzira jeste li istraživački laboratorij, biotehnička tvrtka ili farmaceutska tvrtka, možemo vam pružiti prave proizvode i podršku. Kontaktirajte nas kako biste započeli razgovor o vašim specifičnim potrebama i kako naše DNK polimeraze mogu optimizirati vaše procese sekvenciranja.
Reference
- Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., & Walter, P. (2002). Molekularna biologija stanice. Garland Science.
- Brown, TA (2002). Genomi. Wiley - Liss.
- Metzker, ML (2010). Tehnologije sekvenciranja - sljedeća generacija. Priroda pregleda genetika, 11 (1), 31 - 46.